La historia comienza con Nathan "Nate" Drake conduciendo una lancha en el mar junto a su hermano, Samuel "Sam" Drake, mientras son perseguidos por un grupo de mercenarios. Pero sus intentos por escapar son en vano y su lancha es derribada por un barco. Tras esto, la historia retrocede a la preadolescencia de Nathan cuando vivía en un orfanato católico. Esa misma noche, Nathan es castigado por un altercado con otro niño. Luego del regaño de la hermana Catherine, Nathan se queda en su habitación, solo, hasta que su hermano Sam aparece en la azotea de uno de los edificios del orfanato y le hace señales a Nathan con una linterna. Por lo tanto, Nathan sale por la ventana, escapa del orfanato y se reúne con Sam. Allí sostienen una conversación sobre el altercado de Nathan. Tras esto, Sam lleva a Nathan a un callejón y le muestra una bicicleta que ha comprado. Pero Sam debe salir de la ciudad por un trabajo temporal donde puede ganar dinero, diciéndole que ya sabe donde están las pertenencias de su madre y que hará todo lo posible por regresar. Años después, ambos están buscando pistas sobre el tesoro perdido de Henry Avery. Con la ayuda de Rafe Adler, los tres son infiltrados en una prisión de Panamá, y con la ayuda de Vargas, un policía corrupto, Nate busca pistas del primer oficial de Avery, Joseph Burnes, quien fue colgado en una zona aledaña de la prisión. Nate encuentra la celda del primer oficial y recupera una cruz de San Dimas que le indica la siguiente ubicación del tesoro. Sin embargo, Nathan le miente a Vargas y le dice que no ha encontrado nada. Nathan se reúne con Sam y Rafe para examinar la cruz, y los tres suponen que el tesoro esta en Escocia y deciden escapar. Pero un altercado con otros prisioneros les dificulta el escape. Vargas aparece y lleva a los tres a su oficina. Vargas se da cuenta de que lo han engañado e intenta negociar con ellos para obtener una parte de las ganancias. Pero Rafe lo apuñala y los tres se ven forzados a huir. Lamentablemente, Sam es ametrallado durante la fuga por uno de los guardias(aparentemente muriendo en el acto) pero Nate y Rafe logran escapar. 15 años después de lo ocurrido, Nathan deja de lado sus aventuras como cazatesoros. Ahora lleva una vida normal, trabajando para una compañía de salvamento marítimo y viviendo con su esposa Elena. Una noche, en su lugar de trabajo, recibe una visita inesperada. Es su hermano Sam. Él le explica que los médicos lo salvaron de sus graves heridas pero las autoridades panameñas lo mantuvieron en prisión después de la muerte de Vargas. Aun así, Nathan no puede creer que su hermano siga vivo. Ambos sostienen una conversación sobre las aventuras de Nathan durante su ausencia. Pero después de escucharlo, Sam le cuenta sus problemas. Al parecer, su ultimo compañero de celda fue el líder de un Cartel panameño, llamado Hector Alcazar. Un año antes, el ejercito de Alcázar atacó la prisión y ayudó a Alcázar y Sam a escapar. El problema es que Sam siempre le hablaba a Hector sobre el tesoro de Henry Avery. Ahora Alcázar quiere una parte de ese tesoro y amenaza a Sam con matarlo si no encuentra el tesoro en un plazo de tres meses. Por lo tanto, Sam solicita la ayuda de su hermano para encontrar el tesoro antes de que se cumpla el plazo. Aunque Nathan se niega al principio, se compadece de su hermano y le ayuda. Para que su esposa no sospeche, le dice que esta realizando un trabajo especial en Malasia por ordenes de su jefe. Tras esto, Nathan y Sam viajan a Italia para reunirse con el mentor de Nate, Victor Sullivan, en la Hacienda Rossi, donde será subastada la cruz de San Dimas, ya que Sam descubrió que Henry Avery hizo más de una cruz. Tras infiltrarse al edificio, el trío nota que la cruz ya la habían puesto en subasta, como no pueden robarla del modo en el que lo planearon, optan por desactivar la electricidad del edificio. Mientras Sully compite en la subasta contra Rafe, Nathan logra infiltrarse en las instalaciones de mantenimiento y desactiva la electricidad, para luego sully tomar la cruz y salir desapercibido del lugar. Mientras Sully sale del lugar, Nate se las arregla para evadir a los guardias, quienes patrullan por toda la hacienda con el fin de encontrarlo..