Swoje zadania Claude otrzymuje od kilkunastu charyzmatycznych szefów, których poznajemy w wykreowanych z pomysłem cutscenkach. Wśród zleceń trafiają się niekiedy zadania zaprojektowane z przymrużeniem oka (np. zbieranie porozrzucanych na ulicy „świerszczyków”), a także liczne aluzje do innych gier akcji, np. misja „Two-faced Tanner”, w której autorzy nabijają się z dwuwymiarowego policjanta, bohatera Drivera 2. Fabuła GTA III jest nieliniowa, co oznacza, że większość misji (szczególnie pobocznych) można wykonywać w dowolnej kolejności, a nawet zrezygnować na jakiś czas ze zleceń i oddać się swobodnej eksploracji Liberty City. Do swojej dyspozycji bohater ma całą przestrzeń trzech połączonych ze sobą wysp (Portland, Staunton Island i Shoreside Vale). Odległości między nimi może pokonywać za pośrednictwem mostów i tuneli bądź też dzięki kilku rodzajom motorówek (Claude nie posiada umiejętności pływania)..